Morskie głębiny – (ang.Deep blue) czwarta lokacja w grze Spore Origins. Następuje po mętnej wodzie. Składa się z trzech poziomów (dziesiątego, jedenastego oraz dwunastego; w niektórych wersjach jest ich aż 5). W zależności od wersji gry mogą się one oczywiście nieznacznie różnić. Pęcherze powietrza są teraz zamarznięte. Samemu także można zostać zamrożonym. Czasami, po odmrożeniu poruszanie się jest chwilowo zaburzone (gdy chcemy płynąć w prawo, płyniemy w lewo, itp.). Zdarza się tylko wtedy kiedy "zamarznie mózg".
Poziom 10
Pierwsza komórka przestaje się pojawiać. Jest to komórka, która pojawiła się w 2. poziomie, posiadająca szczękę i oko.
Poziom 11
Pojawia się dość silna komórka. Ma ona kolor czerwonawy. Jej główna umiejętność to szarżowanie. Nakierowuje się na nas do momentu zamknięcia oka, po czym rusza na nas z dużą prędkością. W celu uniknięcia ciosu, musimy zejść z jego trasy po chwili, w której zamknie oko. Można to wykorzystać, nakierowując go na określony cel i zejść z jego trasy.
Poziom 12
W tym poziomie występują praktycznie tylko wspomniane wyżej komórki. W celu pozyskania pożywienia musimy sprawić, aby rozbijały się o kawałki lodu i rozpadały na mniejsze komórki. Po ukończeniu Morskich głębin możemy wybrać kolejny element z edytora.
Po ukończeniu morskich głębin przechodzimy do lasu wodorostów.
Zupa pierwotna • Szczeliny wulkanu • Mętna woda • Morskie głębiny • Las wodorostów • Piaszczyste wybrzeże